Рыжков В. А. (cts3402) wrote,
Рыжков В. А.
cts3402

Category:

Взаимное сходство русских популяций пяти городов России по 15 генетическим маркерам набора PowerPlex

В работе [В.А. Степанов, и др. Характеристика популяций Российской Федерации по панели пятнадцати локусов, используемых для ДНК-идентификации и в судебно-медицинской экспертизе // Acta Naturаe. 2011. Т. 3. No. 2 (9).С. 59-71.http://vigg.ru/fileadmin/materials/Stepanov-ActaNaturae-2011-2-59-71-STR-rus.pdf ]

«впервые с использованием панели из 15 генетических маркеров, применяемых для ДНК-идентификации и в судебно-медицинской экспертизе, охарактеризованы 17 популяций Российской Федерации. Определена степень полиморфизма и популяционной изменчивости в российских популяциях микросателлитных локусов, входящих в набор PowerPlex 16 («Promega»): распределение аллелей и генотипов в популяциях шести городов и 11 этнических группах РФ; уровни внутри- и межпопуляционной генетической дифференциации населения; генетические взаимоотношения между популяциями; идентификационные и судебно-медицинские характеристики изученной системы маркеров. Выявлены значительные отличия российских популяций от референтной базы США, используемой в настоящее время в практике судебной экспертизы РФ. Все русские популяции, украинцы, белорусы и коми характеризуются общностью генного пула по изученным маркерам и отсутствием значимой межпопуляционной дифференциации (значения Fst при попарных сравнениях не превышают 0.25%). В то же время группа славянских популяций значимо отличается от большинства других популяций. В то же время анализ внутри массива из шести русских городских популяций, несмотря на значительную территориальную разбросанность городов, представляющих центр Eвропейской части России (Москва), ее юг (Белгород, Орел), север (Ярославль), Урал (Оренбург) и Сибирь (Томск), выявил полное отсутствие межпопуляционных различий по частотам и молекулярной дисперсии 15 микросателлитов в этих популяциях».

Авторами

«на основании матрицы попарных генетических расстояний между популяциями по совокупности 15 STR -локусов, полученной методом AMOVA, с учетом различий в частотах аллелей и дисперсии числа тандемных повторов было построено древо генетических взаимоотношений между популяциями. Дендрограмма, сконструированная методом невзвешенного попарного среднего (UPGMA) в пакете программ PHYLIP, приведена на рис. 4»:



В этом дереве я засомневался, поскольку по кранотипии русские Ярославской губернии конца 19-начала 20 века выступают исходной популяцией для остальных русских популяций [ http://cts3402.livejournal.com/14736.html ], а тут современные ярославцы следуют за томской популяцией, да ещё и на уровне ниже орловцев, которые по кранотипии рубежа 19-20 веков выглядят одной из наиболее поздних ветвей (вкупе с курчанами). Хотя я и томич (по жизни в СССР/России и по прописке), а по отцовской линии из курчан, но правда дороже. Решил проверить своими средствАми, благо, что исходные данные для 5-ти городов выложены на сайте «ДНК-идентификация RusDNAid» http://vigg.ru/database/chelovek/rusdnaid/ .

Я решил, что нет смысла считать расстояния между парами, когда есть исходные данные в виде частот аллелей 15-ти маркеров, по которым НАПРЯМУЮ можно посчитать взаимное сходство в парах сравнения этих 5-ти городов.

В итоге получилась вот такая таблица взаимных сходств в парах – табл.1:




А по усредненным значениям для всех 15-ти маркеров получаем такую матрицу взаимных сходств – табл.2:



Отсюда видим, что русские Ярославля – это всё-таки исходная популяция для остальных 4-х популяций русских, поскольку среднее взаимное сходство с остальными 4-мя популяциями не только максимальное (87.05%), но и с минимальным стандартным отклонением (0.79%). Можно предположить, что за исходностью ярославцев, как и в кранотипии, стоит количественная основа пост-фатьяновцев, а ещё раньше - шнуровиков, а ещё раньше - пока не скажу кого.

Ближайший к Ярославлю – это Томск, следом и примерно на одном уровне – Оренбург и Белгород, а самое нижнее/отдаленное ответвление от пра-ярославцев и всех нижеследующих узлов – это Орёл (и, видимо, схожий с ним Курск), как и получается по кранотипии выборок черепов русских рубежа 19-20 вв.

Заметно различающиеся средние значения и границы для отдельных маркеров, очевидно, следует отнести на различие инородных примесей у этих 5-ти русских популяций, которые, в среднем, идентичны на 85.8±1%, т.е. на количественном уровне.

К сожалению, доступа к исходным данным для Москвы и остальных исследованных авторами регионов пока нет, а потому поспекулировать насчет природы примесей у этих 5-ти популяций пока невозможно. Но всё же надеюсь, что ...

Продолжение следует
Tags: генетическое сходство русских популяций, микросателлитные маркеры, фатьяновцы форэва
Subscribe

  • В голове пусто, на языке густо

    - первые «снежинки» вливаются в стройные ряды работников околоумственного труда. Вот и в помощь нам, научрабам, полгода назад появился свежий…

  • Практическая психофототипия в картинках

    Лишний раз объясню принцип моей психофототипии на примере известного страдальца в формате общедоступного графического редактора Paint, где…

  • Кто на новенького?

    Новичок, похоже, обновляет типа молодильных яблок: Две недели в коме, говорите?…

  • Post a new comment

    Error

    Anonymous comments are disabled in this journal

    default userpic

    Your IP address will be recorded 

  • 0 comments